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おおまかなストーリーの流れ。
あまり詳しくはありませんが、攻略の参考にどうぞ。

マークの意味 ：
[PT加入] ・・・仲間加入 / [PT離脱] ・・・仲間離脱 / [重要アイテム] ・・・重要アイテム
（1）旅立ち～星の船落下 → （2）仲間との再会～エンディング
【01】クラトス村
[PT加入] ドーン
盗賊来襲事件
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クール村で奇病発生の報せ
ミリーを追ってクール村へ
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【02】クール
ミリーの父が病に倒れる
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【03】クラトス村
薬草を取りにメトークス山へ
[PT加入] ミリー
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【04】メトークス山
ロニキスたちとの出会い
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【05】戦艦カルナス
ドーンが病気で倒れる
[PT離脱] ドーン
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謎の石化病の調査
ワクチンを作るために、石化病ウイルスの最初の保菌者からのウイルス採取が必要と分かる。
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惑星レゾニアの使者来訪
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【06】地球連邦
レゾニアとの休戦協定
石化病ウイルスの最初の保菌者判明
レゾニア側から石化病ウイルスに関する情報。
最初の保菌者は300年前の惑星ロークにいて、現在では既に存在しない。
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連邦の手による石化病治療断念
独自に初期の石化病ウイルス入手へ
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【07】惑星ストリーム
タイムゲートから過去の惑星ロークへ
[PT加入] イリア ／ [PT離脱] ミリー
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【08】クラート
イリアの服入手
はぐれたロニキスとミリーを探す
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【09】ホット
道具屋バダムの依頼
[PT加入] シウス ／ [重要アイテム] つうこうしょう
依頼を受けるとポートミスへ行くための通行証を入手。
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【10】ポートミス
依頼のものを受け取る
[重要アイテム] ちょうぞう
港の船が出る場所の船員に話しかけ、バダムの依頼を途中でやめる選択をすると、ホットに戻らずに先に進める。
ただし、この場合シウスがパーティーから抜けるので注意。
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【11】ホット
道具屋バダムに報告、依頼完了
[PT離脱] シウス（一緒に行かない選択をした場合のみ）
バダムに報告を済ませた後の会話イベントで、シウスを仲間にするかどうか選択可能。別れると仲間から外れる。
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【12】ポートミス
アストラルへ渡航するため港へ
（海賊ヴェルカントの噂）
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【13】海賊ヴェルカントの洞窟
海賊退治
[重要アイテム] ひうちいし（洞窟内で入手、先に進むために使用）
ボスを倒して先に進むとペリシーが捕らえられている。
後から仲間にしたければ助けておく。
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【14】ポートミス
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 [重要アイテム] オカリナ
海賊の洞窟でペリシーを助けると、ポートミスで別れる時に落としていく。
ペリシーを仲間にする時に使うので、必要なら拾っておく。
船でアストラルのオタニムへ
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【--】オタニム
（ここでは特にイベントは起こらない。
街の人と一通り話したら先へ進む。）
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【--】タトローイ
（ここでは特にイベントは起こらない。
街の人と一通り話したら先へ進む。）
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 [PT加入] アシュレイ（シウスを仲間にしていない時のみ）
ストーリーの本筋とは関係ないが、ここでアシュレイを仲間にすることもできる。（⇒仲間にする方法）
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【15】アストラル
フィアとの出会い
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騎士団長暗殺未遂事件
[PT加入] フィア（シウスがいる場合のみ）
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犯人を追ってアストラル洞窟へ
アストラル～アストラル洞窟での一連のイベントは、仲間にシウスやアシュレイが居るかどうかによって微妙に流れが変わる。
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【16】アストラル洞窟
騎士団長暗殺未遂事件解決
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【17】アストラル
国王に謁見
「真実の瞳」に関する情報入手
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【18】パージ神殿
ヨシュアとの出会い
[PT加入] ヨシュア
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3人のルーンと会った後、入口へ戻る
[PT離脱] ヨシュア（一緒に行かない選択をした場合のみ）
パージ神殿クリア後の会話イベントで、ヨシュアを仲間にするかどうか選択可能。別れると仲間から外れる。
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【19】-
アストラル大陸をさらに西へ
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「星の船」落下
トロップへ向かう途中、「星の船」落下イベント発生。戻るかどうか選択肢が出る。
「戻らない」を選んで先に進むと、トロップからポートミス行きの臨時便が出ている（★ネタ元）。
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